1902年（明治35年）、第1次桂太郎内閣の菊地大麓文相（元東京帝大総長）が、「東京・京都以外に帝大は設立不要」とし、実用的な専門学校の設置案を提案した。衆議院解散で設置案は流れたが、九州帝大設置のために巨額の寄付を申し出ていた各県に専門の高等教育機関の設置が決まり、まず、国から150万円の予算を得て1903年（明治36年）に福岡県立福岡病院をもとに京都帝国大学福岡医科大学が設立された。その後、1905年（明治38年）に長崎高等商業学校が、1906年（明治39年）に仙台高等工業学校、および、第五高等学校工学部をもとに熊本高等工業学校が設置された。
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1906年（明治39年）、京都帝大の設置に尽力し、高等教育機関の設置に前向きな西園寺公望を首相とする第1次西園寺内閣が成立すると、1907年度（明治40年度）予算に東北帝国大学（仙台市）および九州帝国大学（福岡市）の設置予算を組み込んだ。しかし、日露戦争後の不況期に入ったことを理由に板谷蔵相によって予算は削減され、設立は絶望的となった。このとき、古河鉱業副社長であった原敬内務大臣（盛岡藩盛岡城外・本宮村、現岩手県盛岡市本宮出身）が、古河財閥の二代目オーナーの古河虎之助（当時17歳）を説得し、両帝国大学設立のための資金を献納させることを取り付け、予算削減から17日目に両帝国大学の設置が閣議決定された。日露戦争による好況（1904-05年）によって財を成した古河財閥は、一方で足尾銅山の鉱毒による公害問題を抱えており、公のために寄付をすることで世論の沈静化を願った。